Botanické sbírky v současnosti obsahují přes 135 tisíc herbářových položek, z toho více než 132 tisíc cévnatých rostlin (Magnoliophyta). Při porovnání velkých regionálních botanických sbírek v muzeích České republiky se jedná o třetí nejrozsáhlejší sbírku. Většina herbářových položek pochází z Čech.
Botanické sbírky jsou budovány jako systematické, doplňování fondu probíhá převážně vlastní terénní činností. V posledních téměř 30 letech byly nejvíce sbírány vodní druhy rostlin, ve Středočeském muzeu tak byla vytvořena nejpočetnější sbírka vodních cévnatých rostlin v České republice, především díky úsilí RNDr. Jaroslava Rydla (kurátor sbírky v letech 1985–2012).
Herbář slouží zejména jako studijní materiál pro taxonomické a fytogeografické práce celostátního rozsahu. Je zapsán ve světovém Indexu herbariorum pod mezinárodní zkratkou ROZ.
Badatelské dny
Nejsou pevně stanoveny. Studium a konzultace po předchozí domluvě.