Z důvodu rostoucích prostorových nároků na ukládání rozšiřujících se sbírkových fondů, zejména archeologických, vzniklo v 90. letech detašované pracoviště muzea v areálu bývalého statku v Libčicích nad Vltavou. Rekonstrukcí stávajících objektů a dostavbou nové budovy zde vznikly depozitáře i potřebné pracovní a provozní zázemí.